Im Gegensatz zu vielen anderen Karstgebieten der Erde ist die Karstlandschaft im Südharz von Vegetation bedeckt („Grüner Karst“), wodurch ein vielfältiges Bodenmosaik erhalten blieb. Die große Struktur- und Substratvielfalt bedingt eine Lebensraum- und Artenvielfalt von gesamtstaatlich repräsentativer Bedeutung. Die Gipskarstlandschaft ist nicht nur für eine Vielzahl gefährdeter Farn- und Blütenpflanzen, sondern auch für den Schutz von seltenen Moosen, Flechten und Pilzen sowie von gefährdeten Tierarten von herausragender Bedeutung. Der Artenreichtum der Offenlandlebensräume, vor allem der Kalk-Trockenrasen und Flachlandmähwiesen mit z. T. ausgedehnten Streuobstbeständen, ist durch eine stetig sinkende Weide- und Mahdnutzung in Gefahr.
Die bundes- bzw. europaweite Bedeutung des Gebietes spiegelt sich in der hohen Dichte an FFH- und SPA-Gebieten sowie an Naturschutzgebieten und Flächennaturdenkmalen wider.